في سنة 395 ق.م تبعت منطقة لبنان الإمبراطورية البيزنطية مما تابع ازدهارها لقرن كامل. وفي القرن السادس الميلادي ضرب البلاد سلسلة من الزلازل التي دمرت العديد من معالمها كهيكل بعلبك ومدرسة الحقوق في بيروت وقتلت 30,000 من سكانها، وخلال هذه الفترة هاجر الموارنة المسيحيون إلى لبنان من سوريا. في نفس فترة انتقال الموارنة إلى لبنان، تواجد في لبنان قوم سموا بالمردة، اختلف على نسبهم فمن قال أنهم من الجراجمة ومنهم من نسبهم إلى الموارنة الذين نزحوا إلى تلك الجبال، إلا أن ما اتفق عليه أن المردة كانوا مقاتلين شديدو البأس مرهوبو الجانب عاشوا في لبنان وجعلوه حصينا.^[50]
قامت الفوضى في منطقة لبنان بسبب الزلازل، الجزية القاسية، والاختلافات الدينية في القرن السادس الميلادي مما أضعف الإمبراطورية البيزنطية وفتح البلاد أمام المسلمون القادمون من شبه الجزيرة العربية. أرسل أبو بكر الصديق قواته لفتح بلاد الشام، وفي سنة 636م دحر القائد الإسلامي خالد بن الوليد القوات البيزنطية في معركة اليرموك وفتح بلاد الشام ومنها لبنان وأدخلها ضمن الدولة الإسلامية.^[51] بعد انتصار معركة اليرموك، عين معاوية بن أبي سفيان الأموي حاكما على بلاد الشام، وطلب من أهل لبنان بناء السفن من أجل مواجهة آلة الحرب البحرية البيزنطية، كما أوقف غزوات المردة الأقوياء في جبال لبنان الذين ناصروا الروم. وخلال عهد الأمويين نعمت السواحل اللبنانية بفترات من الأمان والازدهار، وقدم العديد من القبائل العربية التي استوطنت ساحل لبنان للحد من التدخل البيزنطي مثل اللمعيون. تذكر بعض المصادر الشيعية أنه في عهد الأمويين، تشيع أهل جبل عامل على يد أبي ذر الغفاري الذي نفاه معاوية إلى جبل عامل،^[52] ومنذ ذلك الحين سمي أهل جبل عامل "بالمتاولة".^[52]
استولى العباسيون على الحكم من الأمويين سنة 750م وضموا لبنان لحكمهم. في بداية هذا العهد، استوطن الإرسلانيون لبنان عام 756م. فرض العباسيون ضرائب قاسية على لبنان مما دفع اللبنانيين للقيام بالعديد من الانتفاضات. وفي القرن العاشر أعلن الأمير الصوري علاقة استقلاله عن العباسيين إلا أن حكمه انتهى مع استيلاء الفاطميين على الحكم.

قلعة البحر في صيدا، بناها الصليبيون عام 1228م.

الممالك والإمارات الصليبية في الشرق عام 1140م، كانت الأراضي التي تُشكل لبنان المعاصر تتبع مملكة بيت المقدس وإمارة طرابلس.

وبعد أن هزم الصليبيون السلاجقة الأتراك وتقدموا عبر سوريا، قاموا باحتلال مدن ساحل لبنان وسيطروا عليها تدريجياً. خلال هذه الحملات، تجاوب الموارنة مع ثقافة الصليبيين وتحولوا إلى مرجعية البابا في روما، وبما أن الفرنسيين كانو يشكلون عصب الحملات الصليبية بدأت العلاقات المارونية-الفرنسية تتوطد منذ ذلك الحين ولا سيما بعد مجيء ملك فرنسا القديس لويس التاسع إلى الشرق.^[53] خلَف الصليبيون العديد من القِلاع في لبنان مثل قلعة طرابلس وقلعة الشقيف. وفي سنة 1175م أسس صلاح الدين الأيوبي الدولة الأيوبية التي وحدت مصر وسوريا والحجاز، فأحاط بالممالك والإمارات الصليبية وهزم الجيش الصليبي في معركة حطين، ثم فتح معظم مدن الساحل اللبناني ولم يصمد في وجهه غير مدينتيّ صور وطرابلس.^[54] وخلال العصر المملوكي، بعد انهزام الصليبيون، أنتعشت تجارة مدينة بيروت وأصبحت من أهم موانئ التجارة بين أوروبا والعالم العربي. وفي هذه الفترة، قدم عدد من القبائل العربية واستوطن مناطق وادي التيم وساحل بيروت والشوف، ومن هؤلاء: الشهابيون، التلحوقيون، المعنيون، وآل نكد.